서기 2000년. 인류는 절망을 맞았습니다. 세컨드 임팩트. 남극에 작은 운석이 충돌하여 일어나게 된 대사건. 이 사건으로 인해 지구의 반이나 되는 생명이 목숨을 잃었으며, 자전축이 뒤틀렸고 해수면이 상승하게 되었습니다. 세상은 혼란에 빠졌습니다. 살기 위해 사람들은 서로에게 총을 겨누었고, 그 과정에서 수많은 난민들이 생겨났습니다. 그로부터 15년이 지났습니다. 전쟁은 종료되었고 혼란은 수그러들었습니다. 학교가 다시 문을 열었고 도시가 하나둘씩 복구되었습니다. 핵폭탄을 맞았던 도쿄는 새로운 모습의 도쿄로 다시 돌아왔습니다. 하지만 아직도 세상엔 위험이 도사리고 있습니다. 저 바다 너머에서는 아직도 우리를 위협하는 존재가 남아있습니다......
여러분은 이 세컨드 임팩트의 생존자입니다. 이 험난한 상황에서 태어났고, 성장하였으며, 살아남아 14년을 버텼습니다. 스스로의 힘으로 살아남으셨을 수도, 타인의 보호를 받아 버티셨을 수도, 높으신 분의 자제분이셨기에 위험을 피하기 용이하셨을 수도 있지요. 아무튼 여러분은 살아남았습니다. 그리고 이 제3신도쿄시에 오게 되셨습니다.