1/2/3학년이 단체로 공포체험삼아 산을 오르다. 단체로 이상할 정도로 길을 잃다가, 이상한 산장에 가다. 산장 지하에서, 과학자 호오인 쿄우마를 만나다.
프로젝트 울드라는 이름의 계획으로, 프로젝트 베르단디의 연구소 위치를 듣다. 프로젝트 베르단디에 참여하기로 결정한 모두, 프로젝트 베르단디가 진행되는 연구소를 찾아가다. (외진 곳의 상가건물 4층)
진입하자, 그곳에는 노트북과 왠 이상한 문이 연구실 한가운데 덩그러니 놓여 있었다. 마치 만화에 나오는 게이트처럼. 노트북을 켜자, 호오인 쿄우마 박사가 프로젝트 베르단디에 참가한 것을 환영하다. 프로젝트 베르단디란, 세상이 멸망으로 치닫는 것을 관찰하고, 이를 막기 위한 일이다. PC들은 모니터에 표시되는 세계선 수치가 변동하면, 호오인 쿄우마가 개발한 타임머신을 타고 50년 후의 미래로 가, 50년 후의 호오인 쿄우마가 수집한 정보를 가지고 현대로 귀환하여 멸망의 원인을 현대에서 미리 조치하는 일을 하게 되었다.
미래로 가는 문에 소독장치를 설치하고, 방호복을 입다. 미래의 멸망의 원인에, 바이러스나 핵에 의한 방사능 등이 있을 수 있으므로. 미래에서 USB를 얻고, 곧바로 돌아오다. 제약회사 엄브렐러에 '변칙개체'가 있음을 듣고, 그 변칙개체에 의해 발명된 신약이 세계를 멸망시킨다는 말을 듣다. ※변칙개체 : 현실에 있을 수 없는 초상적인 물건/현상을 통틀어 말한다. (타임머신, 만병통치약 등등)
시즈카의 이모가 그 최고 핵심 연구원임을 알다. 시즈카가 이모에게 약의 문제점이 상세히 담긴 USB를 정면에서 전달하다. 이후 미래로 다녀와, 시즈카가 소실당했다는 소식을 듣다.
PC들은 이를 납치로 판단, 이모에게 연락 후 시즈카를 호위하기로 한다. 돌아가는 도중, 엄브렐러 사에서 보낸 조직원들과 싸워, 우위를 잡는다. 한명이 총을 꺼내들자, PC 다수가 기합돌격(!?) 어떻게든 아야가 사진기 플래시 크리를 띄워, 세이토가 총을 쳐낸다.
총을 잡기 위해 전원 분투. 어떻게든 PC측이 총을 잡고, 조직원들을 엎드리게 한다. 이 전투에서 다수의 치명상자가 나왔으나, 마침 도착한 시즈카의 이모가 특이한 약을 주입해서 모조리 죽음 가까이에서 소생.
전원 병원으로 옮겨지고 조직원들은 경찰에 넘어가다. 이 '엄브렐러의 실책'이 계기가 되어 시즈카의 이모가 엄브렐러의 과격파들과의 파벌싸움에서 우위를 잡음 이로 인해 신약에 의한 세계멸망은 사라졌다.
그러나, 시즈카의 부모는 막장부모였다. 병원에서 모두가 치료받을 때, 시즈카를 크게 혼내며 데려간다. 시즈카의 이모가 말려보지만, 시즈카는 시즈카의 부모에게로 간다. 학습된 복종과 공포는 강했다.
시즈카가 없이 지내던 PC들은, 선생님으로부터 시즈카가 전학가게 되었다는 말을 듣는다. 이후, 미래로 가본 결과, 막장 부모에 의해 비뚤어진 시즈카가 'UN 행복조절기구' 라는 이상한 단체의 이름으로 시민들의 행복추구권(등급에 따라, 65세에 안락사/ 75세에 안락사) 운운하는 디스토피아 세상을 본다. 미래의 시즈카는 '자식은 잘못 낳는것은 죄, 잘못 태어나서 부모를 괴롭게 하는 것도 죄' 라는 말을 할 정도.
이후 PC들은 시즈카의 구출에 대해 고민하며 귀환. 호오인 쿄우마의 정보에 의해, '구출 중 PC의 대다수가 사망했다'는 소식을 듣는다. 우선 시즈카의 이모와 시즈카의 구출에 대해 상담한 PC들은, 시즈카가 '아동학대'로서의 정황만 발견되어도 이모가 시즈카의 신변을 데려올 수 있다는 확답을 듣는다. 고민한 뒤, PC들은 시즈카를 '공권력으로 한번 구출해보자'며 경찰에 '아동학대'로서 시즈카의 집을 신고. 경찰이 시즈카의 집을 방문해, 부모의 저항을 무시하고 시즈카가 갇혀있는 '체벌실'의 문을 강제로 열고 들어간다.
그러나 같혀있던 시즈카는, 이 상황에 의해 더욱 더 멘붕(1~20에서 펌블) 부정스택 0에서 단숨에 3으로 차올라 부정각성한 시즈카는, '역병의사'의 모습을 한 괴물이 되어 경찰을 힘껏 후려쳐 중상을 입힌다.(로방권 없었으면 시즈카는 살인자가 되었을 것이다) 기겁한 시즈카의 부모까지 시즈카가 죽이려던 차, 다른 PC들이 개입. 아마미야 렌이 각성하고, PC들의 다굴에 의해 시즈카가 눌려, 이모의 진정제를 맞고 완전히 제압된다.
1부 에필로그. 집들이.
어떻게든 모든 일이 해결되고, 시즈카의 부모 또한 공포에 질린 것과 시즈카를 학대한 정황의 확보로 인해, 시즈카는 이모님과 살기로 결정되었다. PC들은 시즈카의 집들이로 가, 가구와 짐을 옮겨주고, 시즈카와 대화를 나눈다. 모두가 고기를 구워 먹으며, 무사를 축하했다.
PC들은 호오인 쿄우마 찾아가, 에고(EGO)라는 것에 대해 듣는다. -정신을 물질화하는 힘. 에고의 획득은 '때와 장소에 따라 다르다' 이외는 말할 수 없다며, 호오인 쿄우마가 단정내린다. 그 이외는 온갖 끔찍한 방법 뿐이라고. 이 EGO는 '씨앗'이 있는 이들이 각성하는데, PC들은 호오인 쿄우마의 친우가 뿌린 씨앗 덕인지, 전원 잠재력이 있을 것이라는 말을 듣는다. 덤으로, 적대 조직에도 씨앗이 많이 있을 거라는(...) 말도 듣는다.
이날, 해산할 떄 후지사와미 유키코(PC)가 쓰러진다. 몇몇 PC가 남아 그녀의 컨디션을 살피고, 다음날, 유키코는 입원하느라 결석한다.
별 생각 없던 PC들은, 우선 미래를 살피지만, 미래는 유키코의 소꿉친구이자 절친, 나가소네 미오리네(PC)에 의해 또 다른 디스토피아 세상이 되어 있었다. 진상은 입원한 유키코가 엄브렐러 사의 연구소로 옮겨져 사망하고, 미오리네가 완전히 흑화한 것. PC들은 이를 막기 위해, 단 이틀 후 옮겨지는 유키코를 막기 위해서 유키코의 병실로 쳐들어간다. (이틀은 유키코 PC가 미리 어장주와의 RP에서 유키코의 아버지에게 생각할 시간을 달라고 한 시간이다. 유키코 PC가 나쁘다. 이틀이 뭐냐 이틀이)
미리 따로 병문안을 간 미오리네 등 3인에게 미리 메세지로 상황을 전달하고, 3인이 천천히 유키코를 설득하려 하는 것을, PC들이 들이닥쳐 혼란에 빠진 유키코를 달래지도 않고 진실을 때려박다. (여기서 이타치가 나쁘다는 모함이 있지만 리바이가 진범이다) 혼란에 빠진 유키코는 멘탈이 마구 흔들리지고, PC들은 미오리네를 제외하고 자리를 비워, 유키코가 진정할 시간을 준다.
그리고 미오리네는 유키코를 달래다가 백합 루트로 진입하고(...) 사랑의 힘에 의해 유키코는 마음을 다잡고, 두려워하던 아버지에게 당당하게 '가지 않겠다'고 말하는데 성공, 유키코가 사망하고 미오리네가 망가지는 미래를 회피하게 되었다.
며칠 후, 메리(PC)는 '야마다 선생님'에게 불려, 일을 좀 도와달라는 말을 듣는다. 그러나, 그 날은 메리가 학수고대하던 '게르티나 전시전'이 있는 날. 게르티나의 딸인 메리가, 결코 지나칠 수 없는 전시전이기에, 메리는 이를 거절한다. 그리고 귀가한 메리는, 집에 '게르티나 전시전에 VIP로서 초대드립니다' 라는 편지를 받는다.
한편, 오에이(PC)는 집에서 아버지와 실없는 대화를 나눈다. 오에이의 아버지는, '게르티나 전시전'이 열린다며, 오에이에게 꼭 참여하라고 권한다.
다음날, PC들은 언제나처럼 프로젝트 베르단디 연구소에서 미래를 관찰하려 했지만, 세계선 표시가 '음수'임을 확인한다. 음수의 세계선은 50년 후의 호오인 쿄우마가 타임머신을 개발하지 못한 세계로서, 미래로 갈 수 없음을 나타낸다. 이에 PC들은 할 수 있는게 없음을 아쉬워하며, 우선 일상으로 돌아간다.
이후 메리가 귀가하던 중, 메리는 어두워진 골목길에서 야마다 선생, 그리고 '다수의 무장 병력들'과 맞닥뜨린다. 야마다 선생은 '게르티나 전시전에 갈 생각이지요?' 라며 메리의 의도를 맞추고, 메리를 한동안만 감금하겠다고 한다. 그러던 그때, 시야가 반전하며, 메리는 어딘가로 이동되고 그 곳에는 오에이의 아버지가 있었다. 오에이의 아버지는 메리와 대화하며, '게르티나의 딸 답다'는 말을 했고, 곧 헤어졌다.
이후, 메리는 학교에도, 집에도 가지 못하고 방황하다가, 노숙까지 하며 피곤하게 지낸다. 노숙한 다음날, 메리는 오에이의 아버지와 또다시 만나 이야기를 나누고, 메리를 찾으러 온 이타치와 함께 동료들에게로 돌아간다.
게르티나 미술전이 열리는 날, PC들은 전철을 타고 게르티나 미술전이 열리는 도시로 향한다. 예술가들은 호오인 쿄우마가 말한 '위험한 집단'이라는 정보가 있었기에, 또 오에이의 아버지가 그 예술가 조직 AWCY의 소속원이라는 배지를 달고 있었기에, PC들은 나름대로 여러가지 대책을 짜서 향했다. 미술관에 입장한 뒤, PC들은 평범한 미술전을 감상하고, 직원에 의해 '오후에 있을 진짜 특별한 전시전'에 초대받는다.
오후, PC들이 다시 미술관으로 향하고, 초대장에 적힌 지하 4층에서 오에이의 아버지를 만난다. 이후, 전시전이 시작되자 '게리'라고 하는 게르티나의 제자 예술가가 게르티나의 마지막 미완성작을 완성시키겠다며 떠든다. 게르티나의 마지막 미완성작은 평범한 그림이었지만, 중앙에 소녀가 들어갈 자리 정도가 비어있었다. 이후, 게리가 무언가를 하자, 이 그림에서 물감이 흘러내려, 주변의 모든 사물을 '그림'으로 바꾸며 흡수하기 시작한다. 세상 자체를 액자로 삼는 예술이라며 게리는 자랑스레 떠들지만, 물감이 멈추지 않는다. 주변 전체를 흡수하며, 물감이 계속 흘러내리는 그때, 게리가 메리를 지목하며 '마지막 파츠'라 떠든다. 그때, 게리의 아버지와 그 옆의 직원이 게리의 행위를 부정하고, 게리의 아버지가 PC들을 전원 바깥으로 순간이동시킨다.
바깥으로 순간이동 된 PC들이지만, 얼마 지나지 않아 미술관에서 물감이 힘차게 솟구친다. 세상 전체를 변질하고 침식하려는 것처럼 끝없이 쏟아져나오는 물감에, PC들은 이것이 세계멸망의 전조라고 깨닫고, 오에이의 아버지와 직원이 '초상관리국에서 묵시록급 사태 선언. 긴급 폭격이 45분 후 떨어진다'는 말을 한다.
이를 막기위해, PC들이 게리와 게르티나의 작품을 막기로 하고, 오에이의 아버지가 갑자기 야마다 선생을 불러내 야마다 선생이 가진 '현실 안정화 장치'를 빼앗아 PC들에게 준다. 이로 인해 PC들은 물감이 솟구치는 미술관으로 재진입해, 어마어마한 침식을 견뎌가며 지하 4층의 게리에게 간다. 게리는 자랑스럽게 자신의 작품을 떠들지만, 화날대로 화난 각성 오에이에게 일격을 맞고 죽기 직전이 된 후, 스스로의 그림을 그려낸 메리에게 승복한다. 그대로 놔두면 죽었을 게리의 상처 또한 오에이의 아버지가 막아 주었다.
시험이 얼마 남지 않은 날, PC들은 유키코와 미오리네의 집에 모여 공부를 한다. 떠들썩하게 공부하고, 같이 밥도 먹은 뒤, 기분좋게 헤어지기 직전, 학교에서 시험이 연기되었다는 공지가 메세지로 날아온다. 뉴스를 보니, PC들이 다니는 학교에서, 한 학생이 계단에서 실족사했다는 뉴스가 나오고 있었다. 다만, 목격자가 말하기로 '허리가 잘렸다'는 말을 했다고 하고, 경찰은 말을 아끼고 있었다.
PC들이 학교에서 간단히 탐문한 결과, 사망자는 고토 히토리(전 PC. 현 캐삭)라는 것이 발각되었다. 히토리와 함께 여러 사건을 해결한 PC들에게, 이는 크나큰 충격이었고, 모두는 다음 날 있는 히토리의 장례식에 참가하였다. 히토리의 부모님이 통곡하고, PC들도 우울해진 그때, 히토리의 관에서 쿵 쿵 하는 소리가 들리기 시작한다.
PC들이 기겁하고 서로를 마주보는 그때, 말릴 틈도 없이 히토리의 어머님이 뛰쳐나가 관을 연다. 관에서, 죽은 히토리가, 허리가 잘린 채 상반신만으로 어머니를 덮쳐, 목을 물어뜯었다.
모두가 기겁하고, PC들은 다른 이들을 내보내며 대피. 곧바로 경찰이 와, 모두를 로비로 내보내고 히토리를 제압하려 든다. 그러나 로비에서도 히토리의 좀비는 계속해서 PC들의 이름을 부르고, 아프다고 외친다. 이에 PC들이 혼란을 겪을 때, 야마다 선생이 다른 이들과 나타난다.
야마다 선생과 몇 가지 문답을 하던 도중, 히토리의 좀비가 총알로는 제대로 쓰러지지 않는다는 보고가 들려, 히토리의 좀비는 결국 조각조각 나 처리되게 된다. 이 사건으로 인해, 히토리의 어머니가 추가로 사망했다.
PC들은 히토리의 사건에 매우 분노하여, 이를 조사하기 시작한다. 우선 히토리의 죽음을 목격한 히토리의 친구에게 탐문하기로 결정, 컨디션이 나빠 등교하지 않는 친구를 찾아가기로 한다. 그러나 상식적인 PC들은, 제비뽑기로 4명만 가기로 결정, 나머지는 베르단디 프로젝트의 연구소로 가, 미래를 보기로 한다. 병문안을 가는 4인은 아마미야 렌, 티르, 빌헬름, 시즈카로 결정되었으며, 렌과 시즈카는 EGO각성자였다.
미래에 다녀온 PC들이 USB를 가지고 귀환하자, 호오인 쿄우마 박사가 '히토리의 친구에게 간 4명이 이날 완전히 행방불명되었다' 라는 말을 한다. 기겁한 PC들이 4명이 향한 집으로 뛰어간다.
한편, 탐문을 간 4인은 벨을 누르거나 노크해도 아무 반응이 없고, 문을 열자 혈향이 풍겨오는 사태에 경악한다. 이에 시즈카가 EGO를 사용해 뛰쳐들어가고, 티르는 핸드폰의 전파가 잡히지 않아, 연락을 위해 아래로 향한다. 그러나 시즈카가 뛰쳐들어간 순간, 범인은 창 밖으로 도망쳐, 아래로 향한 티르가 허리가 베여 죽게 된다. 이떄, 티르가 각성, 죽었어야 할 티르는 살아나 폭주하여, 시즈카와 렌이 티르를 제압하기 위해 싸운다.
어떻게든 제압에는 성공한 둘이지만, 그때 에고 소유자 셋이 싸우는 곳에서 멀어져 있던 빌헬름이 습격받는다. 목을 반쯤 베이고, 도망치던 빌은, 뒤에서 살인귀가 여유를 부린 덕에 조금의 시간을 더 생존했고, 때마침 도착한 학생회의 인물들에 의해 살인귀는 빠르게 도망친다. 학생회 인물들이 잠시 티르를 오해하여 공격을 한번 날리기도 했지만, 곧바로 오해가 풀렸다.
이후, 4인은 병원으로 옮겨져 치료를 받았고, 치료 도중 PC들은 학생회와 안면을 틀었다.
다음날, 모두는 베르단디 연구소로 향해, 빌헬름이 살인귀에게 살해당한다는 미래의 정보를 얻는다. 빌헬름이 살인귀의 목소리를 들었으며, 학교에서 이를 눈치챈 뒤 살해당한다는 정보를 얻은 PC들은 빌헬름을 돌아가며 호위하기로 한다.
다시 다음날, 빌헬름은 학교에서 목소리의 주인을 탐문하기 시작한다. 1학년을 뒤지고, 2학년을 뒤지던 중, 빌헬름이 '오노에 세리카'라는 학생의 목소리를 듣고 '그 목소리다!'하고 깨닫는다.
이후, PC들은 빌헬름의 말을 듣고 이 녀석을 어떻게 조질지 고민하던 도중, 아직 확정이 되지 않았으니 좀더 조사하자-> 뭔가 대화를 해보자 -> 빌헬름이 데이트하는걸로 결정! 이라는 기적같은 논리로 빌헬름을 살인귀에게 투척(...) 빌헬름은 세리카에게 데이트를 신청하고, 세리카가 이를 받아들이게 된다.
그날, 빌헬름은 세리카와 데이트를 하고, 세리카는 빌헬름이 미리 정해둔 베스킨 라빈스 데이트 코스를 시작부터 박살내고 게임 센터로 빌헬름을 끌고간 뒤, 하루종일 그녀의 페이스로 빌헬름을 끌고 다니며 데이트를 한다. 다른 PC들은 베스킨라빈스 주변에서 4시간을 심심하게 보냈다. 정보수집 성과는 없었다.
이후, 연구소에서 미래를 봤지만, 세계선이 변동했을 뿐, 정보라고 할만한 정보도 얻지 못했다.
빌헬름, 단 하루의 데이트로 세리카에게 마음을 빼앗겼는지 계속 고뇌하다. 다음 날 아침 세리카에게 대충대충 대답하다. 이후, 연구소에 간 PC들은 하루만에 뭘 하지도 않았는데 세계선이 변동했음을 보고 경악. 호오인 쿄우마와 대화 끝에, '누군가가 미래를 보고, 마음이 크게 변했다'라는 것을 유추해낸다. 이를 통해, PC들 일부에게서 '세리카가 정보를 빼내고 있는게 아닌가' 라는 말이 나왔으며, 빌헬름은 하루의 데이트로 계속해서 세리카를 신경쓰고 있었다. 이런 빌헬름의 마음을 눈치챈 PC들이 '살인귀면 어떻냐!'며 제대로 마음을 전하라고 몰아붙이고, 빌헬름, 고백을 결정하다.
다음날. 빌헬름이 진심을 담아 고백을 하고, 고백을 받은 세리카가 자살했다. 더 이상의 자세한 설명은 생략한다.