1/2/3학년이 단체로 공포체험삼아 산을 오르다. 단체로 이상할 정도로 길을 잃다가, 이상한 산장에 가다. 산장 지하에서, 과학자 호오인 쿄우마를 만나다.
프로젝트 울드라는 이름의 계획으로, 프로젝트 베르단디의 연구소 위치를 듣다. 프로젝트 베르단디에 참여하기로 결정한 모두, 프로젝트 베르단디가 진행되는 연구소를 찾아가다. (외진 곳의 상가건물 4층)
진입하자, 그곳에는 노트북과 왠 이상한 문이 연구실 한가운데 덩그러니 놓여 있었다. 마치 만화에 나오는 게이트처럼. 노트북을 켜자, 호오인 쿄우마 박사가 프로젝트 베르단디에 참가한 것을 환영하다. 프로젝트 베르단디란, 세상이 멸망으로 치닫는 것을 관찰하고, 이를 막기 위한 일이다. PC들은 모니터에 표시되는 세계선 수치가 변동하면, 호오인 쿄우마가 개발한 타임머신을 타고 50년 후의 미래로 가, 50년 후의 호오인 쿄우마가 수집한 정보를 가지고 현대로 귀환하여 멸망의 원인을 현대에서 미리 조치하는 일을 하게 되었다.
미래로 가는 문에 소독장치를 설치하고, 방호복을 입다. 미래의 멸망의 원인에, 바이러스나 핵에 의한 방사능 등이 있을 수 있으므로. 미래에서 USB를 얻고, 곧바로 돌아오다. 제약회사 엄브렐러에 '변칙개체'가 있음을 듣고, 그 변칙개체에 의해 발명된 신약이 세계를 멸망시킨다는 말을 듣다. ※변칙개체 : 현실에 있을 수 없는 초상적인 물건/현상을 통틀어 말한다. (타임머신, 만병통치약 등등)
시즈카의 이모가 그 최고 핵심 연구원임을 알다. 시즈카가 이모에게 약의 문제점이 상세히 담긴 USB를 정면에서 전달하다. 이후 미래로 다녀와, 시즈카가 소실당했다는 소식을 듣다.
PC들은 이를 납치로 판단, 이모에게 연락 후 시즈카를 호위하기로 한다. 돌아가는 도중, 엄브렐러 사에서 보낸 조직원들과 싸워, 우위를 잡는다. 한명이 총을 꺼내들자, PC 다수가 기합돌격(!?) 어떻게든 아야가 사진기 플래시 크리를 띄워, 세이토가 총을 쳐낸다.
총을 잡기 위해 전원 분투. 어떻게든 PC측이 총을 잡고, 조직원들을 엎드리게 한다. 이 전투에서 다수의 치명상자가 나왔으나, 마침 도착한 시즈카의 이모가 특이한 약을 주입해서 모조리 죽음 가까이에서 소생.
전원 병원으로 옮겨지고 조직원들은 경찰에 넘어가다. 이 '엄브렐러의 실책'이 계기가 되어 시즈카의 이모가 엄브렐러의 과격파들과의 파벌싸움에서 우위를 잡음 이로 인해 신약에 의한 세계멸망은 사라졌다.
그러나, 시즈카의 부모는 막장부모였다. 병원에서 모두가 치료받을 때, 시즈카를 크게 혼내며 데려간다. 시즈카의 이모가 말려보지만, 시즈카는 시즈카의 부모에게로 간다. 학습된 복종과 공포는 강했다.
시즈카가 없이 지내던 PC들은, 선생님으로부터 시즈카가 전학가게 되었다는 말을 듣는다. 이후, 미래로 가본 결과, 막장 부모에 의해 비뚤어진 시즈카가 'UN 행복조절기구' 라는 이상한 단체의 이름으로 시민들의 행복추구권(등급에 따라, 65세에 안락사/ 75세에 안락사) 운운하는 디스토피아 세상을 본다. 미래의 시즈카는 '자식은 잘못 낳는것은 죄, 잘못 태어나서 부모를 괴롭게 하는 것도 죄' 라는 말을 할 정도.
이후 PC들은 시즈카의 구출에 대해 고민하며 귀환. 호오인 쿄우마의 정보에 의해, '구출 중 PC의 대다수가 사망했다'는 소식을 듣는다. 우선 시즈카의 이모와 시즈카의 구출에 대해 상담한 PC들은, 시즈카가 '아동학대'로서의 정황만 발견되어도 이모가 시즈카의 신변을 데려올 수 있다는 확답을 듣는다. 고민한 뒤, PC들은 시즈카를 '공권력으로 한번 구출해보자'며 경찰에 '아동학대'로서 시즈카의 집을 신고. 경찰이 시즈카의 집을 방문해, 부모의 저항을 무시하고 시즈카가 갇혀있는 '체벌실'의 문을 강제로 열고 들어간다.
그러나 같혀있던 시즈카는, 이 상황에 의해 더욱 더 멘붕(1~20에서 펌블) 부정스택 0에서 단숨에 3으로 차올라 부정각성한 시즈카는, '역병의사'의 모습을 한 괴물이 되어 경찰을 힘껏 후려쳐 중상을 입힌다.(로방권 없었으면 시즈카는 살인자가 되었을 것이다) 기겁한 시즈카의 부모까지 시즈카가 죽이려던 차, 다른 PC들이 개입. 아마미야 렌이 각성하고, PC들의 다굴에 의해 시즈카가 눌려, 이모의 진정제를 맞고 완전히 제압된다.
1부 에필로그. 집들이.
어떻게든 모든 일이 해결되고, 시즈카의 부모 또한 공포에 질린 것과 시즈카를 학대한 정황의 확보로 인해, 시즈카는 이모님과 살기로 결정되었다. PC들은 시즈카의 집들이로 가, 가구와 짐을 옮겨주고, 시즈카와 대화를 나눈다. 모두가 고기를 구워 먹으며, 무사를 축하했다.
PC들은 호오인 쿄우마 찾아가, 에고(EGO)라는 것에 대해 듣는다. -정신을 물질화하는 힘. 에고의 획득은 '때와 장소에 따라 다르다' 이외는 말할 수 없다며, 호오인 쿄우마가 단정내린다. 그 이외는 온갖 끔찍한 방법 뿐이라고. 이 EGO는 '씨앗'이 있는 이들이 각성하는데, PC들은 호오인 쿄우마의 친우가 뿌린 씨앗 덕인지, 전원 잠재력이 있을 것이라는 말을 듣는다. 덤으로, 적대 조직에도 씨앗이 많이 있을 거라는(...) 말도 듣는다.
이날, 해산할 떄 후지사와미 유키코(PC)가 쓰러진다. 몇몇 PC가 남아 그녀의 컨디션을 살피고, 다음날, 유키코는 입원하느라 결석한다.
별 생각 없던 PC들은, 우선 미래를 살피지만, 미래는 유키코의 소꿉친구이자 절친, 나가소네 미오리네(PC)에 의해 또 다른 디스토피아 세상이 되어 있었다. 진상은 입원한 유키코가 엄브렐러 사의 연구소로 옮겨져 사망하고, 미오리네가 완전히 흑화한 것. PC들은 이를 막기 위해, 단 이틀 후 옮겨지는 유키코를 막기 위해서 유키코의 병실로 쳐들어간다. (이틀은 유키코 PC가 미리 어장주와의 RP에서 유키코의 아버지에게 생각할 시간을 달라고 한 시간이다. 유키코 PC가 나쁘다. 이틀이 뭐냐 이틀이)
미리 따로 병문안을 간 미오리네 등 3인에게 미리 메세지로 상황을 전달하고, 3인이 천천히 유키코를 설득하려 하는 것을, PC들이 들이닥쳐 혼란에 빠진 유키코를 달래지도 않고 진실을 때려박다. (여기서 이타치가 나쁘다는 모함이 있지만 리바이가 진범이다) 혼란에 빠진 유키코는 멘탈이 마구 흔들리지고, PC들은 미오리네를 제외하고 자리를 비워, 유키코가 진정할 시간을 준다.
그리고 미오리네는 유키코를 달래다가 백합 루트로 진입하고(...) 사랑의 힘에 의해 유키코는 마음을 다잡고, 두려워하던 아버지에게 당당하게 '가지 않겠다'고 말하는데 성공, 유키코가 사망하고 미오리네가 망가지는 미래를 회피하게 되었다.