그 날 방과후, pc들은 다 함께 모여 프로젝트 베르단디가 진행되고 있는 곳으로 향하기로 결정한다.
연구소는 어느 쓰이지 않는 상가 건물의 꼭대기 층, 4층에 존재하고 있었다. 연구소에 들어서자 제일 먼저 보인 것은 중앙에 덜렁 놓인 금속 문이었다.
이번에도 영상으로 등장한 호오인은 프로젝트 베르단디에 대해 설명을 시작한다. 세계는 앞으로 약 30~70년 후에 멸망한다. 방 중앙에 놓인 금속 문은 타임머신, 노스텔지어 드라이브다. 50년 뒤의 미래에 연결된 드라이브는 현 시점에서 완성되지도 않았음에도 작동하기 시작했다. 그러나 드라이브를 개발한 것은 호오인 쿄우마와 그 동료들이었기에, 그들이 직접 타임머신을 타고 이동하면 패러독스로 인해 드라이브가 완성되지 못하는 문제가 있었다. 멸망을 막기 위한 정보를 다른 이를 통해 얻기 위한 계획, 그것이 프로젝트 베르단디인 것이다. 프로젝트 베르단디는 다음과 같은 단계로 진행된다. 1. 노스텔지어 드라이브를 통해 50년 후의 미래로 향한다. 2. 멸망의 원인을 조사하여 정보를 얻어낸다. 3. 현재로 돌아와 멸망의 계기를 막는다.
호오인은 이 일을 방해할 것으로 추정되는 다른 조직에 대해 설명하며 꼭 프로젝트 베르단디에 참여할 필요는 없다 말한다. 그러나 호오인이 프로젝트의 참여 여부를 물었을 때, pc들은 전원 이에 동참하겠다 선언한다.
호오인은 미래에서 현재로 돌아왔을 때의 보호조치가 부족하다고 말한다. 방호복이 있어 현재에서 미래로 향했을 때는 큰 문제가 없으나 돌아왔을 때 미래의 위험요소가 현재로 돌아올 가능성이 있는 것이다. 호오인은 이를 방지하기 위해 드라이브의 기자재를 보수 및 개조하도록 지시한다.
pc들은 건물에 놓인 기자재들을 옮기고 시설을 조립한다. 호오인 쿄우마는 이제 미래로 갈 준비가 되었다고 말하며, 미래에서 시간을 보낸 만큼 현재의 시간도 흐르니 주의하라 당부한다. 일행은 방호복을 입고 처음으로 미래로 향한다.
유키코는 학교에 나오지 않는다. 유키코의 성격이 많이 신경질적인지라, 그녀의 절친 미오리네를 제외하면 학교 내 대부분의 학생이 유키코를 좋아하지 않는다.
방과후, pc 일행들은 모여서 유키코에 대해 이야기한다. 미오리네는 유키코가 병원에 입원했다는 사실을 알리고, 일행들은 유키코에게 해줄 수 있는 일을 의논한다.
그러나 그녀가 과거에 보여줬던 냉담함으로 인해, 일행들은 유키코에게 무엇을 해줘야 할지 갈피를 잡지 못한다. 결국 일행들은 롤링페이퍼를 써서 미오리네와 아리스, 키린을 통해 유키코에게 전달하기로 결정한다.
그 시각, 홀로 병실에 누워있던 유키코는 그녀의 아버지, 윌리엄 윈터스의 방문을 받는다.
윌리엄은 좋은 협력사를 찾았다며 학교를 관두고 몸의 치료에 집중하라고 제안한다. 유키코는 학교를 졸업하고 싶어하지만, 아버지에게 가치 없는 인간으로 판단되는 것이 두려워 모레까지만 기다려달라고 밖에 하지 못한다.
세 사람이 병문안을 간 사이, 나머지 일행들은 노스텔지어 드라이브로 가서 시간선을 확인한다. 그리고 미래에서 일본 수상이 되어 방송으로 열악유전자 배제법의 타당성을 설파하는 미오리네를 마주한다.
현재로 돌아와 호오인 쿄우마에게 데이터를 넘겨준 일행은 유키코가 모레에 엄브렐러 산하 비밀 연구소로 이동하게 되고, 그로 인해 사망하게 되는 것으로 추정된다는 정보를 얻는다. 미래의 미오리네는 엄브렐러를 막기 위해 점차 과격해져 전쟁을 벌였으나, 그 과정에서 일행들의 대부분을 잃고 끝내 엄브렐러의 T-바이러스가 유출되어 좀비가 창궐하게 되는 결말을 맞이한다.
연구소의 일행들이 병원으로 향하는 사이, 미리 병원에 가있던 세 사람도 유키코가 모레 병원을 옮긴다는 사실을 알아낸다. 간호사는 병문안이 어려울 것 같다고 말하지만, 세 사람의 간절한 설득에 방문을 허용한다.
세 사람은 유키코를 만나 진솔한 대화를 나눈다. 유키코가 자신의 치료에 대해서 이야기를 꺼내나, 미래의 정보를 받은 세 사람은 그건 무리라고 답한다. 유키코가 당황하고 있는 사이, 연구소의 나머지 일행들이 유키코의 병실에 들이닥친다. 갑작스럽게 넘쳐흐르는 정보의 폭풍에 휩싸인 유키코는 울기 시작하고, 미오리네를 제외한 전원은 병실을 떠난다.
일행들이 1층에서 대기하고 있던 때, 그들은 윌리엄을 만나게 된다. 윌리엄은 자신의 딸 유키코에 대해 자랑하지만, 그 대상이 유키코라는 사실을 특정할 수 없었기에 일행들은 눈치채지 못하고 그와 잠시 대화하다 헤어진다.
유키코의 병실이 있는 6층으로 다시 올라간 일행들은 미오리네를 나무라고 있는 간호사를 발견한다. 일행들이 1층에서 대기하고 있는 사이 미오리네와 유키코가 서로 키스를 하고 있었던 것이다. 미오리네가 어찌저찌 설득은 했다는 말을 믿고, 일행들은 해산한다.
그날 밤, 유키코는 또다시 윌리엄의 방문을 받는다. 유키코는 용기를 내어 이 도시에 머무르겠다 말하지만, 윌리엄은 이미 일정을 취소했다 답한다. 유키코가 친구들을 잔뜩 사귀고 여자친구도 만든 것을 보며 청춘을 좀 더 즐기게 해주는 게 낫겠다 판단한 것이다.
윌리엄은 자신은 미오리네와의 관계를 긍정적으로 바라보고 있으나, 후지사와미 가의 승계에 문제가 생길 수도 있다는 사실을 염려한다. 그러나 유키코는 각오를 다지며 그럼에도 미오리네와 함께하고 싶다는 의지를 밝힌다. 유키코는 아버지에게, 미오리네에게, 그리고 다른 사람들에게 마음을 열게 된다.
방과후, pc들이 연구소에 도착해서 세계선을 체크하자 세계선의 숫자가 음수로 표시된다. 호오인은 음수 세계선의 기준점이 어떤 식으로든 타임머신의 개발에 실패했을 때라는 사실을 알려준다.
일행들은 일단 주위를 경계하며 일상을 영위하기로 결정한다. 헤어지던 와중, 오에이는 미술 전시전에 대한 이야기를 꺼내며 모두에게 함께 가볼 것을 권한다.
메리는 집으로 돌아가며 다른 학생들이 자신과 함께 전시전에 가는 것에 대해 걱정한다. 그러던 도중 골목길에서 그녀를 기다리던 야마다 선생님을 만난다.
야마다 선생은 메리가 게르테나 전시전에 갈 마음이 변하지 않았냐고 묻는다. 메리가 이를 긍정하자 선생은 군인들로 그녀를 둘러싸고 며칠 간 다른 곳에 두려 시도한다.
메리가 붙잡히기 직전, 갑작스레 그녀의 시야가 일순한다. 정신을 차리고 보니 야마다 선생과 군인들은 사라지고, 그녀는 다른 골목길에 주저앉아있었다.
혼란에 빠진 그녀에게로 오에이의 아버지가 다가온다. 두 사람은 게르티나에 대해 이야기를 나누고, 이내 오에이의 아버지가 먼저 떠난다. 홀로 남은 메리는 이제 어디로 향할지 고민에 빠진다. 그녀는 우선 게르티나 전시회에 오지 말고, 야마다 선생을 조심하라는 메세지를 남긴다.
다음 날, 메리는 학교에 나오지 않고 야마다 선생도 연차를 쓴다. 그 날 방과후, 일행들은 메리의 메세지에 관해 논의하기 위해 모인다.
일행들은 일단 상황을 파악하기 위해 연구실로 향하여 다 함께 온라인으로 자료조사를 한다. 조사 결과, 게르티나는 1년 반에서 2년 정도 갑자기 활동을 멈췄다가 돌연 전시회를 개최했다고 한다.
단마는 미상의 스폰서의 인터뷰를 발견했는데, 인터뷰에 언급된 '우리가 아직 여전히 멋지다'라는 문구가 키워드로 인식되어 AWCY에 대한 정보를 얻는데 성공한다.
AWCY는 예술에 관련된 각종 변칙개체등을 제조하여 대중에 퍼뜨리고 다니는 예술단체로, 변칙개체 특성상 대중에게 위험한 것이 대다수이기에 테러리스트로도 취급된다. AWCY는 어나니머스와 유사한 점조직으로, 구성원의 성향은 각각 다르나 어떤 예술가들은 대도시가 날아갈만한 작품 또한 거리낌 없이 만든다고 한다.
호오인은 예술 테러리스트를 상대할 때에는 인지를 주의하라 경고하고, 일행들은 서투르게나마 대책을 준비하기 시작한다.
일행들은 재료를 구매하고 도구를 만들기 시작한다. 도구를 만들던 도중, 이타치는 메리가 공원에서 노숙을 하고 있다는 소식을 듣고 각성하여 4층 창문을 깨고 뛰어내려 메리에게로 향한다. 일행들은 이타치를 내버려두고 계속해서 작업을 하기로 결정한다.
한편, 메리는 공원에서 산책을 하던 중 다시 오에이의 아버지를 만난다. 그는 메리에게 과자와 음료수를 나누어주고는 이야기를 나누려 한다. 그 때, 이타치가 난입한다. 이타치가 오에이의 아버지에게 공격적인 반응을 보이자 그는 이타치를 제압하여 진정시킨다.
메리와 이타치는 오에이 아버지의 옷에 달린 AWCY의 배지를 발견한다. 둘은 연구소로 향하고, 오에이의 아버지는 술을 마시며 그들을 그냥 보내준다.
메리와 이타치는 AWCY의 일원과 접촉한 사실과 그에 관한 정보들을 연구소의 일행들과 공유한다. 일행들은 메리의 거취에 관해 의논하지만 뾰족한 방안은 나오지 않는다.
일행들은 주제를 다른 곳으로 돌려 쓸모있는 도구를 얻기 위해 상가의 2층을 수색하기로 결정한다. 일행들은 그 곳에서 미래 가젯 연구소의 물건으로 보이는 태블릿과 PDA를 발견한다. 그 외에도 몇 가지 쓸모 있는 도구들을 발견한 일행들은 다시 4층으로 복귀한다.
호오인에게 태블릿과 PDA에 대해 묻자, 그는 그 기기들이 원래 베르단디 요원들을 위한 통신기기로 설계되었으나, 소프트웨어가 없어 제대로 작동하지 않는다고 알려준다.
일행들은 모두 하와이역에서 만난다. 표를 끊고 들어가던 일행들은 어딘가 상식이 부족해보이는 1학년, 카미카제 고고 덴지를 만난다.
덴지의 목적지 또한 마침 일행들과 같아서, 일행들은 그와 함께 열차를 타게 된다.
열차 안에서, 오에이는 메리가 전시전에 가는 동기를 묻는다. 메리는 본인이 게르티나를 알고 있었고, 게르티나의 이름을 내건 사람이 어떤 그림을 보일지 궁금했다 답한다. 오에이는 그런 그녀에게 그저 그림을 보고 솔직하게 반응하는 걸로 족하다는 조언을 해준다.
일행들이 탄 열차는 전시회가 열리는 가스미가우라시에 도착한다. 덴지는 가츠동을 먹으러 떠난다. 다른 일행들은 모두 전시전이 열리는 미술관으로 들어간다.
일행들은 다 함께 게르티나의 작품을 감상한다. 메리는 '게르티나'의 그림이 '아버지'의 그림과 다른 분위기를 품은 것을 보고 심란해한다.
감상 도중, 미술관의 직원이 메리와 오에이에게 게르티나 전시전의 백미라고 칭할 수 있는 작품을 볼 수 있는 초대장을 건넨다. 오에이는 제한 관람이라는 개념이 마음에 안 들어 투덜거린다.
다른 일행들도 함께 관람하고 싶다 말하자, 직원은 오에이와 메리의 의사를 묻는다. 메리가 동의하자 직원은 다른 인원들의 입장을 허가하며, 관람 시간이 제한적이니 저녁에 지하 4층으로 와달라 부탁한다. 일행들은 저녁을 먹기 위해 잠시 미술관을 떠난다.
식당가를 돌아다니던 일행들은 덴지가 수갑을 차고 경찰차에 쑤셔넣어지고 있는 것을 발견한다. 일행들이 덴지에게 다가가며 무슨 일인지 묻자 경찰은 덴지가 친 사고들을 열거하며 배상비를 내지 않으면 일이 커질 수 있다고 말한다.
유키코가 대신 배상금을 지불하고, 덴지는 일행들에게 감사를 표하며 꼭 값겠다 말한다. 경찰과 함께 피해자들에게 사과하러 떠나는 덴지를 보며, 일행들은 동정심을 품는다.
적당히 식사를 마친 일행들은 다시 미술관으로 돌아온다. 지하 4층에 도달하자 고풍스러운 복도와 아까 보았던 직원이 일행들을 맞아준다.
아직 전시 시간이 되지 않았기에, 일행들은 대기실로 이동한다. 그리고 그 곳에서 졸고 있는 취객을 마주한다. 그 취객의 인상착의가 메리와 이타치가 마주한 AWCY 단원과 같다는 사실을 일행들이 알아차리는 순간, 오에이가 그를 아빠라고 부르며 깨운다.
오에이는 자신의 아버지를 화천광골이라 소개한다. 이타치는 그를 경계하며 아야에게 그들의 가족사진을 찍어달라 부탁한다.
일행들과 화천광골이 이런저런 잡담을 나누는 사이, 어느덧 작품을 감상할 시간이 찾아온다. 일행들은 무대가 있는 전시장으로 들어가서 작품을 기다린다.
이내, 은색의 배지를 한 청년이 무대 위로 올라온다. 그는 자신을 게리라고 소개하며 게르티나의 유작이자 역작을 보여준다. 그것은 평범한 그림처럼 보이나, 소녀 정도의 사람이 들어갈 정도의 자리가 비어있는 캔버스였다.
게리가 '좁은 세계'를 보여주겠다 선언하자, 캔버스에서 물감이 흘러내리기 시작한다. 물감에 닿은 물체들은 유화체 풍으로 변하기 시작한다. 게리는 이를 '세상 자체를 액자로 삼는 무액자의 예술'이라 칭한다.
일행들이 계속해서 흘러나오는 물감을 경계할 때, 게리가 이 작품을 완성하기 위한 마지막 파츠는 메리라는 폭탄발언을 한다. 일행들이 격분하고 다른 관객들이 흥미로워한다. 그러나 화천광골은 못마땅한 기색을 내보인다.
이내, 직원이 게리를 제지한다. 게리가 메리를 강제로 작품의 파츠로 사용하려고 하는 것은 사전 신고가 되지 않은 독단이었던 것이다.
수많은 직원들이 게리를 막아서기 위해 나타나자, 게리는 작품을 폭주시키고 물감이 해일처럼 쏟아져나오기 시작한다. 화천광골은 변칙현상을 이용해서 자신과 pc 일행들을 바깥으로 이동시킨다.
그러나 바깥으로 나온 직후, 물감은 용오름의 형태로 폭발하듯이 바깥으로 쏟아진다. 민간인들은 비명을 지르며 대피하고, 건물들은 천천히 그림 세계에 침식당하기 시작한다.
일행들은 이것이 세계선이 음수가 된 이유라는 것을 깨닫는다. 관리국이 45분 후에 플라즈마 탄두로 도시에 폭격을 가할 예정이나, 세계선을 감안하면 실패할 가능성이 높고 무엇보다 일행들이 거의 확실하게 전멸당한다.
일행들이 패닉에 빠진 그 때, 우이가 그림이 되어도 틀은 유지되니 그림 세계로 뛰어들어 원흉을 처리하자는 아이디어를 내놓는다. 그 이야기를 듣자 화천광골이 야마다 선생이 가지고 있던 현실 안정화 장치를 일행들에게 건네준다.
그는 장치가 있다고 해도 위험성은 굉장히 크다며 의지를 묻지만, 일행들은 모두 물감 속으로 뛰어들기로 결정한다. 화천광골은 메리에게 게르티나가 죽었으므로, 진짜 게르티나가 어떤 모습인지 정할 수 있는 것은 산 자들 뿐이라는 말을 건넨다. 메리는 일을 끝맺기 위해, 게리의 게르티나를 부정하기 위해 각오를 다진다.
일행들은 엉겹결에 합류한 덴지와 함께 그림 세계 속으로 달려든다. 전시관에 진입하기 위해 일행들은 물감의 바다 속으로, 현실 안정화 장치에 의지하여 잠수해 내려간다. 이 과정에서 이타치를 비롯한 몇몇 인원이 물감에 침식된다.
이동하던 도중, 일행들은 무심코 초등학생 시절의 메리가 그려진 그림을 조사해버렸다. 몇몇 인원이 침식되고, 오에이 또한 다른 이들이 그림을 보는 걸 막으려다 그림을 보고 만다. 오에이는 그림을 보고 감상평을 늘어놓다가 일행의 제지에 정신을 차린다.
일행들은 계속해서 전시관의 심부로 향한다. 전시관의 최심부로 향하자 일행들은 몸이 무거워지는 감각을 느낀다. 이타치는 침식의 영향으로 인해 이타심이 극단적으로 강화되는 식으로 에고가 변질되고, 노아는 이를 보며 선민사상을 가지게 된다. 그리고 그 여파로 에고를 각성하나, 일행에게는 이를 숨긴다.
그 때, 게리가 나타난다. 메리는 자신 또한 게르티나이니 작품을 자신의 시각으로 해석할 권리가 있다 주장하지만, 게리는 그녀를 반푼이라 칭하며 이를 부정한다. 게리가 메리를 계속해서 비난하자, 오에이는 에고를 각성하여 게리의 팔 한 짝을 날려버린다.
오에이가 게리를 확인사살하려고 시도하고, 일행들은 이를 막으려고 하고, 노아는 이타치를 에고로 통제하고, 직원이 화천광골을 호출하는 등 상당한 혼란이 벌어진다. 그러나 메리는 그 혼란 속에서도 캔버스를 덧칠해 자신의 게르티나를 모두에게 선보인다. 화천광골은 메리가 완성한 작품을 감상하던 오에이가 폭주하지 않도록 진정시킨다.
폭격은 취소되고, 게리는 관리국에 끌려간다. 화천광골은 자신과 pc 일행들을 열차역으로 이동시킨 후 떠난다. 일행들은 꾸벅꾸벅 졸며 기차를 기다린다.